Az inkvizíció a kor igazságszolgáltatása által gyakorolt mindhárom eljárási módot alkalmazta: a vádemelésen (accusatio) vagy feljelentésen (denuntiatio) alapuló és a hivatalból indított nyomozást (inquisitio). A vádemelésen alapuló eljárás, ha a vád alaptalannak bizonyult, annak a büntetésnek az elszenvedésére kötelezte a feljelentőt, amellyel a vádlottat sújtották volna elítélés esetén. A bűnvádi eljárást a puszta feljelentés alapján is el lehetett kezdeni. A feljelentőt többnyire a kiközösítéstől való félelem késztette az inkvizícióval való együttműködésre. Az inkvizíció gondoskodott a feljelentés részletességéről, valamint titkosságáról. A titoktartás kötelezettsége magára a feljelentőre is vonatkozott: meg kellett esküdnie, hogy a saját feljelentését titokban tartja, nem beszél róla senkinek. Az inkvizítor végül elindíthatta a bűnvádi eljárást hivatalból is, feljelentés hiányában, pusztán a saját értesüléssel vagy az egyszerű szóbeszéd alapján. Ez a harmadik forma volt a szó szoros értelmében vett inquisitio.